一般的に顕微鏡と聞いてすぐイメージされるのが生物顕微鏡です。生物顕微鏡は学校の理科室にも置かれています。動植物の細胞や微生物の観察に使われるシーンが多く、倍率は40倍~1,500倍程度の製品が主流です。
複数の対物レンズが付いているレボルバーを回し、適切な倍率に合わせて使います。ただし、接眼レンズから見られる像は上下左右が逆転しています。
生物顕微鏡は試料の色が分かり、水分を含んでいるものも観察が可能です。また、前処理が不要で、試料の状態を変えなくても観察できるのがメリットですが、倍率が1,000倍程度なのでミクロンオーダーを超える試料の観察には向かないのがデメリットになります。